アーキア(古細菌)ドメイン(Domain Archaea)
バクテリア(真正細菌)よりも真核生物に近縁な原核生物が所属します。メタン菌や好熱菌、好塩菌、好酸菌など、極限環境微生物が多く存在することで知られています。
3ドメイン説によれば、姉妹群は真核生物ドメイン(Eucarya)です(2ドメイン説(エオサイト説)については後述)。
和名は「古細菌」が使われることが多いですが、細菌(バクテリア)の仲間ではありません。「アーキア」「始原菌」も使われます。
アーキア(古細菌)ドメイン内の分類については、以下4界に分けられる方法が有力です。(ナノブデラ界については、アーキア(古細菌)の中で最も初期に分岐したとする説が有力ですが、メタノバクテリウム界に含まれる解析もあります)。
- ナノブデラ界(Kingdom Nanobdellati)
- (Unnamed)
- メタノバクテリウム界(Kingdom Methanobacteriati)
- [このクレードをプロテオアーキオータ界(Kingdom Proteoarchaeota)とする場合もあります。]
- テルモプロテウス界(Kingdom Thermoproteati)
- プロメテアーキア界(Kingdom Promethearchaeati)
当サイトにおけるアーキア(古細菌)ドメインの界階級の分類は2024年に公表された『原核生物の2つのドメインと7つの界の名称の正式発表』および『https://doi.org/10.1099/ijsem.0.006435』に基づいています。
メタノバクテリウム界(Kingdom Methanobacteriati)
ユーリアーキオータ界(ユーリ古細菌界)。メタノバクテリウム、メタノコックス、メタノミクロビウム、ハロバクテリウム、テルモプラズマなどの仲間です。1門9綱を含みます。
好熱菌、好塩菌、好酸菌、メタン菌など、様々な生物が存在します。ユーリアーキオータの「ユーリ(Eury)」とは、幅広い環境に生息していることから「広い」を意味するギリシア語の「ευρυς(eurys)」に因んでいます。
なお2024年に公表された『原核生物の2つのドメインと7つの界の名称の正式発表』によって、それまでの暫定的な「ユーリアーキオータ界(Kingdom Euryarchaeota)」から正式に「メタノバクテリウム界(Kingdom Methanobacteriati)」に改称されています。
姉妹群と推測される(テルモプロテウス界 + プロメテアーキア界)との形態的な差は乏しく、主に16S rRNA系統解析によって区別されています。
- ユーリアーキオータ門(Phylum Euryarchaeota)
- メタノバクテリウム綱(Class Methanobacteria)
- メタノコックス綱(Class Methanococci)
- メタノミクロビウム綱(Class Methanomicrobia)
- ハロバクテリウム綱(Class Halobacteria)
- テルモプラズマ綱(Class Thermoplasmata)
- アーケオグロブス綱(Class Archaeoglobi)
- メタノピルス綱(Class Methanopyri)
- テルモコックス綱(Class Thermococci)
- メタノナトロナルカエウム綱(Class Methanonatronarchaeia)
テルモプロテウス界(Kingdom Thermoproteati)
= TACK上門(Superphylum TACK)
クレンアーキオータ(Crenarchaeota)、タウムアーキオータ(Thaumarchaeota)、アイグアーキオータ(Aigarchaeota)、コルアーキオータ(Korarchaeota)などの仲間です。記載種はクレンアーキオータ門とタウムアーキオータ門の2門のみですが、その他の系統も見つかっていて、当サイトでは暫定的に6門を認めます。
上に挙げた4門の頭文字からTACKの名が付けられており、一般的に上門の階級が与えられています。別名フィルアーキオータ上門(Superphylum Filarchaeota)。
なお2024年に公表された『原核生物の2つのドメインと7つの界の名称の正式発表』によって、正式に「テルモプロテウス界(Kingdom Thermoproteati)」の名が与えられています。姉妹群は恐らくプロメテアーキア界(Promethearchaeati)です。
- クレンアーキオータ門(Phylum Crenarchaeota)
- タウムアーキオータ門(Phylum Thaumarchaeota)
- アイグアーキオータ門(Phylum Aigarchaeota)
- コルアーキオータ門(Phylum Korarchaeota)
- バテュアーキオータ門(Phylum Bathyarchaeota)
- ゲオアーキオータ門(Phylum Geoarchaeota)
クレンアーキオータ門(Phylum Crenarchaeota)
クレン古細菌門。クレンアーキオータ(テルモプロテウス)の仲間です。暫定的に1綱5目を認めます。
ユーリアーキオータ門同様、極限環境微生物を多く含みます。「クレン(Cren)」とは、「泉・源泉」を意味するギリシア語の「κρηνη(crene)」に因んでいます。
- テルモプロテウス綱(Class Thermoprotei)
タウムアーキオータ門(Phylum Thaumarchaeota)
タウム古細菌門。タウムアーキオータ(ニトロソスパエラ)の仲間です。暫定的に1綱4目を認めます。
比較的温和な環境に分布しています。「タウム(Thaum)」とは、「不思議な」を意味するギリシア語の「Θαύμας(thaumas)」に因んでいます。
- ニトロソスパエラ綱(Class Nitrososphaeria)
プロメテアーキア界(Kingdom Promethearchaeati)
= アスガルド古細菌上門(Superphylum Asgardarchaeota)
プロメテ古細菌界。ロキアーキオータ、オーディンアーキオータ、トールアーキオータ、ヘイムダルアーキオータの仲間です。当サイトでは暫定的に4門を認めます。
アスガルド(Asgard)とは、北欧神話における神々の住まう世界に因んでいます。なお、ロキ(Loki)、オーディン(Odin)、トール(Thor)、ヘイムダル(Heimdall)は北欧神話における神の名前です。一般的に上門の階級が与えられています。
ちなみに2024年に公表された『https://doi.org/10.1099/ijsem.0.006435』によって、「プロメテアーキア界(Kingdom Promethearchaeati)」の名が与えられています。姉妹群は恐らくテルモプロテウス界(Thermoproteati)です。
なお、2ドメイン説(2 Domain System)(エオサイト説(Eocyte hypothesis))によれば、当グループが最も真核生物に近縁だとされます。
- ロキアーキオータ門(Phylum Lokiarchaeota)
- オーディンアーキオータ門(Phylum Odinarchaeota)
- トールアーキオータ門(Phylum Thorarchaeota)
- ヘイムダルアーキオータ門(Phylum Heimdallarchaeota)
ナノブデラ界(Kingdom Nanobdellati)
= DPANN上門(Superphylum DPANN)
ディアフェロトリテス(Diapherotrites)、パルウアーキオータ(Parvarchaeota)、アエニグムアーキオータ(Aenigmarchaeota)、ナノ好塩古細菌(Nanohaloarchaeota)、ナノアーキオータ(Nanoarchaeota)などの仲間です。当サイトでは暫定的に6門を認めます。
上に挙げた5門の頭文字からDPANNの名が付けられており、分類階級を与える場合は上門とすることが多いです。
なお2024年に公表された『原核生物の2つのドメインと7つの界の名称の正式発表』によって、正式に「ナノブデラ界(Kingdom Nanobdellati)」の名が与えられています。
細胞サイズとゲノムサイズが非常に小さなことが特徴で、アーキア(古細菌)の中で最も初期に分岐したとする説が有力です。
- ディアフェロトリテス門(Phylum Diapherotrites)
- パルウアーキオータ門(Phylum Parvarchaeota)
- アエニグムアーキオータ門(Phylum Aenigmarchaeota)
- ナノ好塩古細菌門(Phylum Nanohaloarchaeota)
- ナノアーキオータ門(Phylum Nanoarchaeota)
- ミクル古細菌門(Phylum Micrarchaeota)