バクテリア(真正細菌)ドメイン(Bacteria)

バクテリア(真正細菌)ドメイン(Domain Bacteria)

アーキア(古細菌)を除く原核生物(Prokaryota)が所属します。一般的な意味での「細菌」はこのグループを意味します。

バクテリア(Bacteria)とは、ギリシア語で小さな杖を意味する「βακτήριον(bakterion)」に因んでいます。姉妹群はアルカリア(Arkarya)(= アーキア(古細菌)ドメイン + 真核生物ドメイン)です。

人との関わりでは、病原細菌から発酵細菌、腸内細菌まで、様々なものが存在しています。その多様性・生物量は膨大です。

およそ30程度の門(Phylum)が知られており、当サイトでは33門を採用しています(CPR群は除く)。

バクテリア(真正細菌)ドメイン内の分類については、諸説ありますが、以下4界とCPR群の5グループに分けられる方法が有力です。

• シュードモナス界(Kingdom Pseudomonadati)
• フソバクテリウム界(Kingdom Fusobacteriati)
• テルモトガ界(Kingdom Thermotogati)
• バシラス界(Kingdom Bacillati)
• CPR群(Group CPR)

当サイトにおけるバクテリア(真正細菌)ドメインの界階級の分類は2024年に公表された『原核生物の2つのドメインと7つの界の名称の正式発表』に基づいています。

また、バクテリア(真正細菌)ドメインの門階級の学名は、2021年に国際原核生物命名規約(ICNP)によって、語尾が-otaに統一されています。一部の門は語尾だけでなく学名が丸ごと変更されています(例：プロテオバクテリア門(Proteobacteria) → シュードモナス門(Pseudomonadota))。

シュードモナス界(Kingdom Pseudomonadati)

グラム陰性菌を中心とするグループです。外膜を持ち、薄いペプチドグリカン層に特徴づけられます(例外有り)。

姉妹群ははっきりしていません(一説によればバシラス界とも)。

水中を中心に進化したことから、ヒュドロバクテリア(Hydrobacteria)とも呼ばれます。

FCB上門、PVC上門、スピロケータ門、シュードモナス門などを含み、CPR群以外の通常のバクテリアの内、約3割を占めると推測されています。

当サイトでは暫定的に23門を認めます。

• FCB上門(Superphylum FCB)
• PVC上門(Superphylum PVC)
• スピロケータ門(Phylum Spirochaetes)
• シュードモナス門(Phylum Pseudomonadota) = プロテオバクテリア門(Phylum Proteobacteria)
• アシドバクテリウム門(Phylum Acidobacteria)
• (...etc)

かつてネジバクテリア亜界(Subkingdom Negibacteria)や、グラキリクテス下界(Infrakingdom Gracilicutes)と呼ばれたグループに近いですが、含まれる生物は一部異なります。

FCB上門(Superphylum FCB)

フィブロバクター門(Fibrobacterota)、クロロビウム門(Chlorobiota)、バクテロイデス門(Bacteroidota)などの仲間です。暫定的に7門13綱を含みます。

上記3門の頭文字からFCBの名が付けられており、分類階級を与える場合は上門とすることが多いです。スフィンゴバクテリア上門(Superphylum Sphingobacteria)とも呼ばれます。

PVC上門とは近縁で、姉妹群またはPVC上門を含む可能性があります。分類の見直しが行われている最中であり、今後も大小の変更が予想されます。

クロロビウム綱には酸素非発生型の光合成を行う緑色硫黄細菌を含みます。

• バクテロイデス門(Phylum Bacteroidota)
  • バクテロイデス綱(Class Bacteroidia)
  • フラボバクテリウム綱(Class Flavobacteriia)
  • スフィンゴバクテリウム綱(Class Sphingobacteriia)
  • シトファーガ綱(Class Cytophagia)
  • キティノファガ綱(Class Chitinophagia)
• ロドテルムス門(Phylum Rhodothermota)
  • ロドテルムス綱(Class Rhodothermia)
• バルネオラ門(Phylum Balneolota)
  • バルネオラ綱(Class Balneolia)
• クロロビウム門(Phylum Chlorobiota)
  • クロロビウム綱(Class Chlorobea) - 緑色硫黄細菌
  • イグナヴィバクテリウム綱(Class Ignavibacteria)
• フィブロバクター門(Phylum Fibrobacterota)
  • フィブロバクター綱(Class Fibrobacteria)
• ゲマティモナス門(Phylum Gemmatimonadota)
  • ゲマティモナス綱(Class Gemmatimonadetes)
  • ロンギミクロビウム綱(Class Longimicrobia)
• カルディトリクス門(Phylum Calditrichota)
  • カルディトリクス綱(Class Calditrichae)

PVC上門(Superphylum PVC)

プランクトミセス門(Planctomycetota)、ヴェルコミクロビウム門(Verrucomicrobiota)、クラミジア門(Chlamydiota)などの仲間です。暫定的に5門9綱を含みます。

上記3門の頭文字からPVCの名が付けられており、分類階級を与える場合は上門とすることが多いです。プランクトバクテリア上門(Superphylum Planctobacteria)とも呼ばれます。

FCB上門とは近縁で、姉妹群またはFCB上門に含まれる可能性があります。クラミジア門(綱)には病原性の種を多く含みます。

• プランクトミセス門(Phylum Planctomycetota)
  • プランクトミセス綱(Class Planctomycetia)
  • フィシスファエラ綱(Class Phycisphaerae)
• クラミジア門(Phylum Chlamydiota)
  • クラミジア綱(Class Chlamydiia)
• ヴェルコミクロビウム門(Phylum Verrucomicrobiota)
  • ヴェルコミクロビウム綱(Class Verrucomicrobiae)
  • オピトゥトゥス綱(Class Opitutae)
  • スパルトバクテリア綱(Class Spartobacteria)
• キリティマティエッラ門(Phylum Kiritimatiellota)
  • キリティマティエッラ綱(Class Kiritimatiellae)
• レンティスファエラ門(Phylum Lentisphaerota)
  • レンティスファエラ綱(Class Lentisphaeria)
  • オリゴスファエラ綱(Class Oligosphaeria)

スピロケータ門(Phylum Spirochaetota)

Spirochaetae、Spirochaetaeotaとも。スピロケータ(スピロヘータ)の仲間です。暫定的に1綱4目を含みます。

以前はSpirochaetesと呼ばれていましたが、2021年に国際原核生物命名規約(ICNP)によって、Spirochaetotaと改名されました（和名はそのままです）。

典型的ならせん菌で、スピロケータ(Spirochaete)という言葉もギリシア語でコイル状の髪(σπειροχαίτη)という意味です。

いくつかの種は梅毒、回帰熱、ライム病など病原性を持つことで有名です。またシロアリやゴキブリの腸に共生していて、木材など難消化性の食物の消化に寄与している可能性があります。

• スピロケータ綱(Class Spirochaetia)
  • スピロケータ目(Order Spirochaetales) - 梅毒トレポネーマ、回帰熱ボレリア、ライム病ボレリア
  • ブラキュスピラ目(Order Brachyspirales) - 豚赤痢菌
  • ブレウィネマ目(Order Brevinematales)
  • レプトスピラ目(Order Leptospirales) - ワイル病レプトスピラ、秋疫（あきやみ）レプトスピラ

シュードモナス門(Phylum Pseudomonadota)

プロテオバクテリアの仲間です。暫定的に8綱を含みます。非常に大きなグループであり、バクテリア最大の多様性を持っています。

以前はプロテオバクテリア門(Phylum Proteobacteria)と呼ばれていましたが、2021年に国際原核生物命名規約(ICNP)によって、シュードモナス門(Phylum Pseudomonadota)と改名されました。

プロテオバクテリアの「プロテオ(Proteo)」とは、変幻自在に姿を変えるギリシア神話の神プロテウスに因んでいます。

大腸菌、サルモネラ、ビブリオ、ヘリコバクターなど有名な細菌を多く含みます。

• アルファプロテオバクテリア綱(Class Alphaproteobacteria)
• ベータプロテオバクテリア綱(Class Betaproteobacteria)
• ガンマプロテオバクテリア綱(Class Gammaproteobacteria)
• デルタプロテオバクテリア綱(Class Deltaproteobacteria)
• イプシロンプロテオバクテリア綱(Class Epsilonproteobacteria)
• ゼータプロテオバクテリア綱(Class Zetaproteobacteria)
• オリゴフレクスス綱(Class Oligoflexia)
• アシドチオバチルス綱(Class Acidithiobacillia)

フソバクテリウム界(Kingdom Fusobacteriati)

フソバクテリウム門1門のみから成るグループです。そのほとんどが嫌気性細菌です。

系統的に特殊な位置にあるようで、この門のみでフソバクテリウム界を構成します。

門階級について、以前はFusobacteriaと呼ばれていましたが、2021年に国際原核生物命名規約(ICNP)によって、Fusobacteriotaと改名されました（和名はそのままです）。

• フソバクテリウム門(Phylum Fusobacteriota)
  • フソバクテリウム綱(Class Fusobacteriia)

テルモトガ界(Kingdom Thermotogati)

テルモトガ門、デイノコックス門、シネルギステス門から成るグループです。

その多くが好熱性だったり嫌気性だったりで、放射線耐性を持つものも存在します。

系統的に他の細菌からかなり離れているようで、独自の界として認められています。当サイトでは暫定的に3門を認めます。

• テルモトガ門(Phylum Thermotogota)
  • テルモトガ綱(Class Thermotogae)
• デイノコックス門(Phylum Deinococcota) = デイノコックス・テルムス門(Phylum Deinococcus-Thermus)
  • デイノコックス綱(Class Deinococci)
• シネルギステス門(Phylum Synergistota)
  • シネルギステス綱(Class Synergistia)

バシラス界(Kingdom Bacillati)

グラム陽性菌を中心とするグループです。外膜を持たず、厚いペプチドグリカン層に特徴づけられます(例外有り)。

最近の系統解析によると、単系統群である可能性が高いです。但し含まれる門は分類体系により異なる場合があります。

バシラス門や放線菌門、シアノバクテリア門が有名です。当サイトでは暫定的に6門を認めます。

• バシラス門(Phylum Bacillota) = フィルミクテス門(Phylum Firmicutes)
• マイコプラズマ門(Phylum Mycoplasmatota) = テネリクテス門(Phylum Tenericutes)
• 放線菌門(Phylum Actinomycetota)
• シアノバクテリア門(Phylum Cyanobacteriota)
• クロロフレクスス門(Phylum Chloroflexota)
• アルマティモナス門(Phylum Armatimonadota)

CPR群(Group CPR)

CPRはCandidate Phyla Radiationの略で、培養例がない巨大系統群です。バクテリア全体の15%以上を占めると見積もられています。

35以上の門が含まれると推定されます。当サイトの分類表では上門相当としていますが正式な分類階級は未定です。

細胞サイズとゲノムサイズが非常に小さなことが特徴で、核酸やアミノ酸を合成する能力を持たないなど、特殊な遺伝子構造を持つ種が多いです。

恐らく単系統群で、姉妹群はその他のバクテリアとなる可能性が高いです。バクテリア(真正細菌)の中で最も初期に分岐したと推測されます。