シュードモナス門(Pseudomonadota)

シュードモナス門(Phylum Pseudomonadota)

プロテオバクテリアの仲間です。暫定的に8綱を含みます。非常に大きなグループであり、バクテリア最大の多様性を持っています。

以前はプロテオバクテリア門(Phylum Proteobacteria)と呼ばれていましたが、2021年に国際原核生物命名規約(ICNP)によって、シュードモナス門(Phylum Pseudomonadota)と改名されました。

プロテオバクテリアの「プロテオ(Proteo)」とは、変幻自在に姿を変えるギリシア神話の神プロテウス「Πρωτεύς(Proteus)」に因んでいます。

大腸菌、サルモネラ、ビブリオ、ヘリコバクターなど有名な細菌を多く含みます。

姉妹群ははっきりしていません(同じシュードモナス界のFCB上門、PVC上門、スピロケータ門は比較的近縁ではあります)。

6つの綱は、ギリシア文字のアルファ(α)からゼータ(ζ)までをプロテオバクテリア(proteobacteria)の先頭につけた名前が使われています。

各綱間の関係は例えば以下のような仮説があります(他にも様々な仮説があり、定説はまだありません)。

• デルタプロテオバクテリア綱(Class Deltaproteobacteria)
• (Unnamed)
  • イプシロンプロテオバクテリア綱(Class Epsilonproteobacteria)
  • Rhodobacteria
    • アルファプロテオバクテリア綱(Class Alphaproteobacteria)
    • (Unnamed)
      • ゼータプロテオバクテリア綱(Class Zetaproteobacteria)
      • (Unnamed)
        • オリゴフレクスス綱(Class Oligoflexia)
        • Chromatibacteria
          • アシドチオバチルス綱(Class Acidithiobacillia)
          • (Unnamed)
            • ベータプロテオバクテリア綱(Class Betaproteobacteria)
            • ガンマプロテオバクテリア綱(Class Gammaproteobacteria)

アルファプロテオバクテリア綱(Class Alphaproteobacteria)

αプロテオバクテリア綱。リケッチア、紅色細菌(紅色非硫黄細菌)、酢酸菌など多種多様な種を含みます。暫定的に3亜綱13目を含みます。

真核生物の細胞小器官であるミトコンドリアはこのグループの細菌に起源があるとされます。

• マグネトコックス亜綱(Subclass Magnetococcidae)
  • マグネトコックス目(Order Magnetococcales)
• リケッチア亜綱(Subclass Rickettsidae)
  • リケッチア目(Order Rickettsiales) - リケッチア(発疹チフスなど)、[ミトコンドリア]
  • Pelagibacterales目(Order Pelagibacterales)
• カウロバクター亜綱(Subclass Caulobacteridae)
  • カウロバクター目(Order Caulobacterales)
  • リゾビウム目(Order Rhizobiales) - 根粒菌、紅色非硫黄細菌
  • ロドバクター目(Order Rhodobacterales) - 紅色非硫黄細菌
  • ロドスピリルム目(Order Rhodospirillales) - 酢酸菌、紅色非硫黄細菌
  • (...etc)

ベータプロテオバクテリア綱(Class Betaproteobacteria)

βプロテオバクテリア綱。淋菌、髄膜炎菌、百日咳菌、一部の紅色細菌(紅色非硫黄細菌)、硝酸菌など多種多様な種を含みます。暫定的に8目を含みます。

ガンマプロテオバクテリア綱(Gammaproteobacteria)と近縁であり、姉妹群と言われています。

• バークホルデリア目(Order Burkholderiales) - 百日咳菌、紅色非硫黄細菌
• ヒドロゲノフィルス目(Order Hydrogenophilales)
• メチロフィルス目(Order Methylophilales)
• ネイッセリア目(Order Neisseriales) - 淋菌、髄膜炎菌
• ニトロソモナス目(Order Nitrosomonadales) - 硝酸菌
• ロドシクルス目(Order Rhodocyclales) - 紅色非硫黄細菌
• プロカバクター目(Order Procabacteriales)
• Sulfuricellales目(Order Sulfuricellales)

ガンマプロテオバクテリア綱(Class Gammaproteobacteria)

γプロテオバクテリア綱。大腸菌、サルモネラ、ペスト菌、ビブリオ(腸炎ビブリオ、コレラ菌など)、緑膿菌、レジオネラ、紅色細菌(紅色硫黄細菌)などの仲間です。重要な病原菌を多く含みます。

シュードモナス門の綱の中で最も多くの目を含み、暫定的に19目を認めます。なおアシドチオバチルス目(Acidithiobacillales)は元々当グループに含まれていましたが、単系統性が疑わしいため別綱のアシドチオバチルス綱に分離しています。

ベータプロテオバクテリア綱(Betaproteobacteria)と近縁であり、姉妹群と言われています。

• クロマチウム目(Order Chromatiales) - 紅色細菌(紅色硫黄細菌)
• レジオネラ目(Order Legionellales)
• シュードモナス目(Order Pseudomonadales) - 緑膿菌
• ビブリオ目(Order Vibrionales) - ビブリオ(腸炎ビブリオ、コレラ菌など)
• エンテロバクター目(Order Enterobacteriales) - 大腸菌、サルモネラ(食中毒、腸チフスなど)、ペスト菌、赤痢菌、肺炎桿菌
• パスツーレラ目(Order Pasteurellales) - インフルエンザ菌
• (...etc)

デルタプロテオバクテリア綱(Class Deltaproteobacteria)

δプロテオバクテリア綱。暫定的に7目を含みます。シュードモナス門の綱の中で初期に分岐したとされます。

「デスルフ～(Desulf-)」と名のつく目が多いですが、これらは硫酸還元細菌や硫黄還元細菌を多く含みます。

• デスルフレラ目(Order Desulfurellales)
• デスルフォビブリオ目(Order Desulfovibrionales)
• デスルフォバクター目(Order Desulfobacterales)
• デスルファルクルス目(Order Desulfarculales)
• デスルフロモナス目(Order Desulfuromonadales)
• シントロフォバクター目(Order Syntrophobacterales)
• ミクソコックス目(Order Myxococcales) - 粘液細菌

イプシロンプロテオバクテリア綱(Class Epsilonproteobacteria)

εプロテオバクテリア綱。2目を含みます。

カンピロバクターや胃潰瘍の原因となるヘリコバクター・ピロリなどが有名です。

• カンピロバクター目(Order Campylobacterales) - カンピロバクター、ヘリコバクター(ピロリ菌など)
• ナウティリア目(Order Nautiliales)

ゼータプロテオバクテリア綱(Class Zetaproteobacteria)

ζプロテオバクテリア綱。マリプロフンドゥス目(Mariprofundales)1目のみを含みます。

他のプロテオバクテリアと恐らく単系統を成さないため、独立した綱が立てられました。鉄酸化細菌で知られています。

• マリプロフンドゥス目(Order Mariprofundales)

オリゴフレクスス綱(Class Oligoflexia)

暫定的にオリゴフレクスス目(Oligoflexales)1目のみを含んでいましたが、後に3目が追加され、暫定的に4目になっています。2014年に発見された新しい綱です。

アシドチオバチルス綱と並び、綱名にギリシア文字が使われていません。

• オリゴフレクスス目(Order Oligoflexales)
• ブデロビブリオ目(Order Bdellovibrionales)
• バクテリオボラックス目(Order Bacteriovoracales)
• シルバニグレラ目(Order Silvanigrellales)

アシドチオバチルス綱(Class Acidithiobacillia)

アシドチオバチルス目(Acidithiobacillales)1目のみを含みます。

元々ガンマプロテオバクテリア綱に含まれていましたが、同綱との単系統性が疑わしいためアシドチオバチルス綱として分離されています。

• アシドチオバチルス目(Order Acidithiobacillales)